現在、がん免疫総合研究センター（CCII）の研究施設やオフィスは京都大学大学院医学研究科内の複数の建物に分散しており、主な実験室は京都大学の「メディカルイノベーションセンター棟」内に居を構えていますが、2024年には京都大学医学部附属病院に隣接して建設される新棟に全て移転する予定です。5階建て延べ床面積9500㎡の新しい建物は、研究者・研究員・学生およびビジター全300名を収容できる実験室とオフィススペース、さらに地下の専用動物実験施設を含む共有施設や特殊機器専用スペースが設置されます。また、１階には学術会議や文化イベントのための多機能ホール、展示や教育活動のためのスペース、そしてカフェテリアが設けられます。